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Procura por motivo de DNA Avançado

Publicado em 18/11/2005 (revisto em 12/12/2008)

Ficha de Aprendizagem

A procura por motivo de DNA (Pattern Matching - Search by DNA motif ) permite ao utilizador verificar a ocorrência de uma sequência de nucleótidos, à sua escolha, na região promotora de um ou mais genes da levedura. A figura 1 ilustra o resultado da utilização desta ferramenta na pesquisa da ocorrência do motivo TCCGTGGA na região promotora do gene TPO1.

Fig. 1 – Resultado da pesquisa da ocorrência do motivo de TCCGTGGA na região promotora do gene TPO1.

O motivo de DNA escolhido corresponde a um dos locais de ligação dos factores de transcrição Pdr1p e Pdr3p, na região promotora do gene TPO1, um alvo deste factor de transcrição (Teixeira e Sá-Correia, 2002). A figura assinala as ocorrências destes motivos de DNA na região promotora do gene. Na página gerada é, ainda, possível aceder facilmente à página da SGD dedicada ao gene TPO1.

A YEASTRACT permite, também, comparar uma dada sequência de nucleótidos com as sequências definidas na base de dados como locais de ligação dos factores de transcrição ao DNA. Esta opção permite ficar-se a saber se um presumível novo local de ligação já se encontra não descrito. A tabela abaixo apresenta o resultado da comparação do motivo de DNA CCCCTG com os locais de ligação descritos na literatura e armazenados na base de dados.

Inserted motif 'cccctg' inside Yeastract binding sites
Binding Site	TF	Strand	Position
TNNCGTNNNNNNTGAT	Abf1	Fwr	Pos: 7, 9
ATCANNNNNNACGNNA	Abf1p	Rev	Pos: 7
YCCNYTNRRCCGN	Cat8p Sip4p	Fwr	Pos: 2
NGAANNNNNNNGAANNNNNNNGAAN	Hsf1p	Fwr	Pos: 5, 6, 7, 15, 16, 17
NTTCNNNNNNNTTCNNNNNNNTTCN	Hsf1p	Rev	Pos: 5, 6, 7, 15, 16, 17
CGGGGTGNNNNNNNCGCACCG	Stp2p	Fwr	Pos: 8, 9
CGGTGCGNNNNNNNCACCCCG	Stp2p	Rev	Pos: 8, 9
CGGNNNNNNNNCGG	Gsm1p	Fwr	Pos: 4, 5, 6
CCGNNNNNNNNCCG	Gsm1p	Rev	Pos: 4, 5, 6
CGGNNNNNNNNNCGG	Gsm1p	Fwr	Pos: 4, 5, 6, 7
CCGNNNNNNNNNCCG	Gsm1p	Rev	Pos: 4, 5, 6, 7
Yeastract binding sites inside inserted motif 'cccctg'
Binding Site	TF	Strand	Position
CCCCT	Gis1p	Rev	Pos: 1
CCCCT	Msn2p Msn4p Nrg1p Rph1p	Fwr	Pos: 1

O resultado da pesquisa ilustrada na tabela revela que não se encontram descritos locais de ligação idênticos ao motivo CCCCTG. Indica, contudo, que a sequência de nucleótidos a que se ligam os factores de transcrição Cat8p e Sip4p, entre outras, contém a sequência CCCCTG e que a sequência de nucleótidos a que se ligam os factores de transcrição Gis1p, Msn2p, Msn4p, Nrg1p e Rph1p está contida no motivo CCCCTG. Esta informação, em conjunto com os testes de significância estatística, poderá ser útil na avaliação do significado biológico do motivo de DNA em análise.

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