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Pesquisa de factores de transcrição Avançado

Publicado em 18/11/2005 (revisto em 09/12/2008)

Ficha de Aprendizagem

Síntese

Descrição de como obter a lista de todos os factores de transcrição que regulam um determinado gene através das ferramentas de pesquisa Regulatory associations – Search for TFs e Group Genes – Group by TF, da base de dados YEASTRACT.

Palavras-chave
  • Factores de transcrição
  • Regulação da expressão genética
Objectivos de aprendizagem

A aprendizagem neste tópico envolve os seguintes objectivos:

  • Conseguir utilizar as várias potencialidades contidas na base de dados YEAstract;
  • Conseguir obter a lista de todos os factores de transcrição que regulam um determinado gene através das ferramentas de pesquisa Regulatory associations – Search for TFs e Group Genes – Group by TF.
Pré-requisitos

Os seguintes conhecimentos são essenciais para a compreensão deste tópico:

  • Biologia Molecular
  • Bioquímica
  • Regulação da expressão genética

A lista de todos os factores de transcrição que regulam um determinado gene pode ser obtida através da ferramenta de pesquisa Regulatory associations - Search for TFsLink externo .

Ao procurar os factores de transcrição potencialmente envolvidos na regulação de um gene, ou grupos de genes, o sistema pode gerar uma representação gráfica da distribuição dos presumíveis locais de ligação dos vários factores de transcrição na região promotora dos genes em análise. O uso desta pesquisa é exemplificado na figura 1 para a ORF YNR070w. Este gene codifica um transportador da Superfamília ABC (ATP-Binding Cassette) com elevada homologia a transportadores envolvidos no fenómeno de resistência a múltiplas drogas (MDR) (Bauer et al., 1999Link externo). Embora já tenha sido proposto o nome PDR18 para esta ORF, ainda não há qualquer publicação que apresente a sua caracterização funcional.

A informação contida na representação gráfica de todos os presumíveis locais de ligação de factores de transcrição à região promotora da ORF YNR070w, apresentada na figura 1 (a), pode contribuir para orientar a análise funcional desta ORF, permitindo formular hipóteses quanto à sua função. A representação gráfica da figura 1 (a) pode ser simplificada, por exemplo, por selecção do factor de transcrição Yap1p, conhecido pelo seu envolvimento no fenómeno MDR (figura 1 - b), utilizando a opção disponível na base de dados.

yeastract 1

Fig. 1 – Distribuição dos presumíveis locais de ligação de factores de transcrição à região promotora da ORF YNR070w, apresentados na totalidade (a) ou referentes a apenas um factor de transcrição seleccionado (b).

Uma segunda forma de fazer a pesquisa de todos os factores de transcrição que regulam um determinado gene é através da ferramenta Group Genes – Group by TF. Esta ferramenta permite, neste contexto, obter uma representação gráfica da rede de regulação que controla a expressão de um determinado gene. Usando, mais uma vez, o exemplo da ORF YNR070w, e pesquisando apenas associações de regulação documentadas, obtém-se a figura 2, que reflecte não só os factores de transcrição que actuam sobre a expressão da ORF YNR070w mas também as associações de regulação que existem entre esses factores de transcrição.

Fig. 2 – Rede de factores de transcrição que actuam sobre a expressão da ORF YNR070w.

Autor e Créditos

Autor:

 

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Referências Bibliográficas

  • [1] Teixeira, M.C., Monteiro, P., Jain, P., Tenreiro, S., Fernandes, A.R., Mira, N.P., Alenquer, M., Freitas, A.T., Oliveira, A.L., Sá-Correia, I., A Bioinformática e as Bases de Dados: o exemplo de uma Base de Dados para Análise de Mecanismos de Regulação em Levedura, Boletim de Biotecnologia, 81, 23-31, 2005.
  • [2] Teixeira, M.C., Monteiro, P., Jain, P., Tenreiro, S., Fernandes, A.R., Mira, N.P., Alenquer, M., Freitas, A.T., Oliveira, A.L., Sá-Correia, I., The YEASTRACT database: a tool for the analysis of transcriptional regulatory associations in Saccharomyces cerevisiae, Nucleic Acids Research, Database Issue, 34, D446-D451, 2006.
  • [3] Monteiro P., Mendes N., Teixeira M.C., d'Orey S., Tenreiro S., Mira N.P., Pais H., Francisco A., Carvalho A., Lourenço A.R., Sá-Correia I., Oliveira A.L., Freitas A.T., YEASTRACT-DISCOVERER: new tools to improve the analysis of transcriptional regulatory associations in Saccharomyces cerevisiae, Nucleic Acids Res, Database Issue, 36, D132-D136, 2008.
 

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