Publicado em 28/06/2005
A disponibilização da sequência completa dos genomas de um número crescente de organismos implicou, durante a última década, uma transformação profunda na forma com que se ensina, se investiga e se desenvolvem as aplicações em Biologia e Biotecnologia. De facto, o desenvolvimento de novas tecnologias de sequenciação, de análise da expressão genética de todos os genes do genoma (expressão global ou genómica) e de análise estrutural, tem gerado uma quantidade enorme de resultados que representam um verdadeiro dilúvio de informação biológica. Para dar resposta às necessidades resultantes desta realidade, desenvolveu-se, de uma forma rápida, a área multi- e trans- disciplinar da Bioinformática. A Bioinformática utiliza as Ciências e as Tecnologias da Computação e da Informação para resolver problemas biológicos nos domínios das Ciências da Vida e da Biotecnologia. Em particular, possibilita a criação de bases de dados biológicos que permitem o armazenamento, a administração, a extracção e a difusão generalizada e sistemática da informação biológica. As bases de dados biológicas contêm um conjunto de dados vasto, facilmente acessível, organizado e permanente, e disponibilizam, frequentemente, ferramentas computacionais desenvolvidas para actualizar, pesquisar e recolher dados armazenados no sistema. De modo a dar resposta às exigências dos investigadores que beneficiam da informação armazenada nessas bases de dados, estas devem permitir um acesso livre e fácil à informação (através da Internet) e disponibilizar um método para extrair só a informação necessária para dar resposta a um problema biológico específico.
Ilustra-se, nesta secção, a utilização de algumas bases de dados e ferramentas computacionais na resolução de questões biológicas, dando-se alguns exemplos de estratégias experimentais relevantes em Engenharia Genética.
Exemplifica-se, para o gene pgmG de Sphingomonas elodea, a forma de procurar a sequência de um qualquer gene e da proteína correspondente na base de dados GenBank do
NCBI
(National Center for Biotechnology Information), que é um repositório de sequências de genes. Demonstra-se como utilizar duas bases de dados dedicadas à levedura Saccharomyces cerevisiae: a
SGD
(Saccharomyces Genome Database) para selecção e desenho de iniciadores (“primers”) para Engenharia Genética; e a
YEASTRACT
para
Ilustra-se, finalmente, a utilização da base de dados do
Wellcome Trust Sanger Institute
, que contém as sequências de um número muito elevado de genomas (entre os quais o da bactéria Burkholderia cenocepacia J2315), na identificação de um agrupamento de genes da biossíntese de um exopolissacárido numa estirpe da espécie Burkholderia cepacia.
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